ՀՀ կառավարությանն առընթեր ջրային տնտեսության պետական կոմիտեն ստեղծվել է ՀՀ կառավարության 2001թ փետրվարի 9-ի N92 որոշմամբ` ջրային տնտեսության ոլորտի ընկերությունների ֆինանսական վերականգնման, նրանց կողմից սպառողներին մատուցվող ծառայությունների որակի բարելավման, սակագնային քաղաքականության կատարելագործման և ոլորտում տնտեսական բարեփոխումների իրականացման նպատակով:

ՀՀ կառավարության 2002թ. հոկտեմբերի 17-ի N 1653-Ն որոշմամբ ՀՀ կառավարությանն առընթեր ջրային տնտեսության պետական կոմիտեն ճանաչվել է ՀՀ ջրային օրենսգրքով նախատեսված ջրային համակարգերի կառավարման լիազոր մարմին:

ՀՀ կառավարությանն առընթեր ջրային տնտեսության պետական կոմիտեն`
1) պատասխանատու է պետական սեփականություն հանդիսացող ջրային համակարգերի կառավարման և անվտանգ օգտագործման համար.
2) մասնակցում է ջրի ազգային ծրագրի նախագծի նախապատրաստման աշխատանքներին.
3) ապահովում է ջրի ազգային ծրագրի իրականացումը.
4) մասնակցում է օգտագործելի ջրային ռեսուրսների պահանջարկի հաշվարկման ամենամյա և հեռանկարային աշխատանքներին.
5) ապահովում է օգտագործելի ջրային ռեսուրսների վերաբաշխման աշխատանքների իրականացումը.
6) ապահովում է ջրային համակարգերի ներդրումային քաղաքականության մշակումն ու իրականացումը, ինչպես նաև կազմակերպում է ներդրումային ծրագրերի փորձաքննությունը.
7) կառավարության կողմից նախատեսված լինելու դեպքում կատարում է ոլորտում ներդրումային ծրագրերի իրականացման պետական հիմնարկների կառավարման լիազորությունները.
8) ապահովում է ջրային համակարգերի վրա ազդող օբյեկտների շինարարական և վերակառուցման աշխատանքների նախագծային փաստաթղթերի նախնական փորձաքննություն և ներկայացնում է առաջարկություններ.
9) կառավարության հաստատած կարգով կարգավորում և վերահսկում է ՀՏԿ-ների օգտագործման անվտանգությունը.
10) ըստ ջրային համակարգի օգտագործման թույլտվության պայմանների, վերահսկում է ոչ մրցակցային ջրամատակարարման համակարգերում աշխատանքների կազմակերպումը.
11) կառավարության կողմից նախատեսված լինելու դեպքում առևտրային գործունեություն իրականացնող կազմակերպություններում ապահովում է պետության բաժնեմասի կառավարման հետ կապված գործառույթները, ներառյալ՝ պետական սեփականություն հանդիսացող ջրային համակարգերի արդյունավետ կառավարման պայմանագրերի կնքումը և ջրային համակարգերի օգտագործման թույլտվությամբ սահմանված պահանջների կատարման վերահսկողությունը.
12) մասնակցում է ջրամատակարարման և ջրահեռացման, ինչպես նաև այլ ջրային համակարգերում կորուստների նորմատիվների մշակմանը.
13) Բնական մենաշնորհների կարգավորման հանձնաժողովին ներկայացնում է առաջարկություններ՝ կարգավորվող սակագների վերաբերյալ.
14) Բնական մենաշնորհների կարգավորման հանձնաժողովին ներկայացնում է առաջարկություններ՝ ջրային համակարգերի օգտագործման թույլտվությունների և դրանցում ներառվող պայմանների վերաբերյալ:
ՀՀ նախագահի 2005թ ապրիլի 27-ի թիվ ՆՀ-74-Ն հրամանագրով ստեղծվեց տարածքային կառավարման նախարարությունը, որի կազմում ընդգրկվեց ջրային տնտեսության պետական կոմիտեն: